佐世保市の火葬場は、佐世保市 西部芳世苑、佐世保市 東部芳世苑、佐世保市 宇久やすらぎ苑、松浦斎苑です。いずれも公営斎場なので、係員は心づけ（チップ）を受け取ることが禁じられています。佐世保市は松浦地区火葬場組合に加盟しており、松浦市、平戸市と共に松浦斎苑を運営しており、住民は利用可能です。火葬場の使用には佐世保市役所から交付された死体火葬（埋葬）許可証が必要であり、死体火葬（埋葬）許可証の交付を受けるには、佐世保市役所に死亡診断書・死体検案書を提出する必要があります。
故人の印鑑登録証、国民健康保険証、年金証書は使用不能になるので、佐世保市役所に返還します。
佐世保市に本店・支店のある葬儀会社は、西九州新生活センター、北松農協葬祭事業部、立石葬儀社、ながさき西海農協葬祭事業部、クローバ葬祭、葬儀の誠善舎などの企業があります。佐世保市の住宅地では家族葬（密葬）・一日葬が増えています。