南島原市の火葬場は、南島原市やすらぎ苑、南島原市布津 桜苑です。いずれも公営斎場なので、職員は寸志（チップ）を受け取ることが禁じられています。火葬場の使用には南島原市役所から交付された死体埋火葬許可証が必要であり、死体埋火葬許可証の発行を受けるには、南島原市役所に死亡診断書／死体検案書（医師による記入）を提出する必要があります。
故人の印鑑登録証、保険証、年金証書は使用不可になるので、南島原市役所に返却します。
南島原市に営業所のある葬儀会社は、森綿屋葬儀部、斉藤葬儀造花店、白鳳社、南高葬儀社、ありま斎場本多仏壇店、本多仏壇店、有家葬儀社、やすらぎ葬祭などの会社があります。南島原市の住宅地では家族葬・一日葬（ワンデーセレモニー）・直葬が増える傾向にあります。