南丹市の火葬場は、南丹市上平屋火葬場、船井郡衛生管理組合火葬場です。いずれも公営斎場なので、職員は寸志・お清めを受け取ることが禁じられています。火葬場の無い、セレモニーホールのみの斎場は、園部シティホールなどです。南丹市は船井郡衛生管理組合に加入しており、船井郡京丹波町と共に船井郡衛生管理組合火葬場を管理しており、住民は利用可能です。火葬場の使用には南丹市役所から交付された埋火葬許可証が必要であり、埋火葬許可証の発行を受けるには、南丹市役所に死亡診断書／死体検案書（医師による記載・捺印）を提出する必要があります。
故人の印鑑登録証、保険証、年金証書は無効になるので、南丹市役所に返却します。
南丹市に本社・支店のある葬儀社は、園部シティホール、いちたに、協同葬祭などがあります。南丹市の住宅地では家族葬・一日葬・直葬が人気を増しています。