水俣市の火葬場は、水俣芦北広域火葬場ななうら苑です。公営斎場なので、係員へ寸志は渡してはいけません。水俣市は水俣芦北広域行政事務組合に加盟しており、葦北郡芦北町、葦北郡津奈木町と共に水俣芦北広域火葬場ななうら苑を運営しており、住民は利用可能です。火葬場の使用には水俣市役所から交付された死体火葬（埋葬）許可証が必要であり、死体火葬（埋葬）許可証の交付を受けるには、水俣市役所に死亡診断書・死体検案書を提出する必要があります。
故人の印鑑登録証、国民健康保険証、年金証書は無効になるので、水俣市役所に返還します。
水俣市に本店・支店のある葬祭業者は、JAあしきた総合仏事会館みなまた、峯儀式共済熊本ロータス、峯葬儀社、セルモ水俣、いけだ心善社などの企業があります。水俣市の住宅地では家族葬（密葬）・一日葬が増えています。